Hẹp khúc nối niệu quản mắc phải có thể là hậu quả của các can thiệp trên niệu quản, sạn niệu quản hoặc bệnh lý sau phúc mạc. Ở trẻ em, trào ngược bàng quang niệu quản có thể gây ra tình trạng hẹp khúc nối niệu quản bể thứ phát.